工場野菜の大きな特徴の一つに、農薬を一切使わない無農薬栽培があげられます。
そもそも農薬とは、どうして必要なのでしょうか？
従来の畑での野菜栽培では、野菜が外界に接しているため、外界のあらゆるものが付着します。その中には、野菜の生育に望ましくない害虫や菌が含まれ、葉の虫食いや野菜の病気をもたらします。虫食いの野菜や病気の野菜では商品になりませんので、やむを得ず農薬でこれらの外敵を除去する作業を行うのです。
農薬といっても、私たち人間の健康に直接害を与える量ではありません。しかし、近年は食に関する安全・安心を求める声が広がり、できれば農薬を使わない野菜が食べたいという人々が増えているのも事実です。農薬を使わなければ、その農薬の製造元や成分、散布量などを心配せずに、まっさらな野菜を食べることが可能だからです。

工場野菜は、外界を完全に遮断して生育されますので、そもそも工場内には害虫がいない状況になっています。したがって、農薬を用いる理由がないのです。
さらに、人の出入りによって雑菌や埃が工場内に持ち込まれないように、衛生服を着用しエアーシャワーを完備している工場が増えています。

また、完成した工場野菜には、一般生菌数が少なく害虫が付着していないので、一般家庭に届いてからも品質の持ちがよいのが特徴です。従来から畑で育つ無農薬野菜はありますが、これらは虫食いや害虫をある程度許容して育てられています。そのような意味で虫食いもなく、出荷後も無害虫・無菌に近い無農薬野菜は、工場でしか生まれないと言えるでしょう。